En el caso de los motores diésel la nueva familia incorporada al Skoda Fabia se denomina EA288. Entre los sistemas mejorados con respecto a sus predecesores se encuentran el escape, el sistema de inyección, el turbo y el intercooler, mientras que también han variado diferentes elementos como los aros de los pistones y los cojinetes del árbol de levas para conseguir menor fricción. Para obtener menos vibraciones se recurre ahora a un volante motor doble y soportes del motor modificados, ofreciendo en los nuevos motores una presión de inyección de 2000 bar frente a los 1600 que conseguían los anteriores 1.6 TDI. El hecho de contar con tres cilindros obliga también a la incorporación de un árbol contrarrotante para mitigar las vibraciones.
Y es que una de las claves de la nueva oferta de gasóleo del Fabia está en la sustitución del bloque 1.6 TDI tetracilíndrico por un 1.4 TDI tricilíndrico (hace tiempo el grupo VW tuvo ya un tres cilindros 1.4 TDI con hasta 100 CV de potencia pero que contaba con inyector-bomba frente al conducto común que utilizan los actuales)
La versión más básica del actual Fabia TDI es el 1.4 TDI de 75 CV que, en su versión GreenLine, es capaz de llegar a un consumo mixto de solo 3,1 litros con emisiones de CO2 de 82 g/km. Diferentes variaciones en centralita permiten ofrecer el mismo bloque con 90 CV de potencia y un consumo de 3,4 litros, mejorando así en un 11% los registros obtenidos por el antiguo 1.6 TDI Green tec de igual potencia. El motor más potente de la oferta inicial es el 1.4 TDI de 105 CV que, a pesar del claro aumento de potencia, deja su consumo mixto en 3,5 litros por cada 100 kilómetros.