Tanto comparados con el gasóleo como con la gasolina, los motores impulsados por GNC ofrecen un inferior nivel de emisiones. Si lo anterior es importante en cuanto a las conocidas emisiones de dióxido de carbono CO2, mayor importancia cobran aún las referidas al NOx que, en definitiva, son las que han puesto en entredicho últimamente a las mecánicas de gasóleo. Los motores GNC reducen los niveles de CO2 y de NOx en un 25% y en un 87% respectivamente.
A pesar de lo anterior no debemos olvidar que no todos los GNC son iguales. Para que la mecánica trabaje del mejor modo posible con el combustible aportado los motores dotados de GNC de SEAT tienen un funcionamiento especial nada más repostar. Nada más cargar los depósitos de GNC los motores de combustión interna funcionan durante unos minutos con gasolina para calibrar la calidad del GNC y poder así adaptar diferentes parámetros de funcionamiento en modo GNC. Como ejemplo, el Mii emite 79 gramos de CO2 por kilómetro mientras que el León se sitúa en 94 gramos por kilómetro.